Česká potravinová legislativa termín funkční potraviny nepoužívá. Definice uvádí: „Jedná se o potraviny, které jsou obohaceny o látky, které mají výrazný pozitivní vliv na lidské zdraví.“ Tato skutečnost musí být prokázána a doložena odbornými studiemi. Mediálně prezentované funkční potraviny tyto požadavky běžně nesplňují. Označení je tedy užíváno spíše jako subjektivní pocit autora sdělení.